但新的问题又出现了，内阁阁员的官阶依然低于六部尚书（正二品），而六部尚书又是有很大实权的，即使将内阁阁员的品级提到与六部尚书一样高，六部尚书依然可以不买内阁的账。这样明仁宗又别出心裁地想出了“兼职”，即由六部尚书兼任内阁阁员（也可以看作由内阁阁员出任六部尚书），比如身为内阁阁员的杨荣任工部尚书、杨士奇为兵部尚书、黄准兼户部尚书、金幼孜为礼部尚书、杨溥也曾兼任礼部尚书。通过这么一番操作，内阁阁员可以说既有了朝政的决策权，又有了政策的执行权，其地位日渐尊荣。后来明仁宗又重设公孤官，将内阁列入其中。公孤官原本是为文武大臣加赠太师、太傅、太保、少师、少傅、少保官衔而设置的，虽然这些官衔为虚职，但是其地位却很高（一品），仁宗却把这些崇高的名号给了阁臣，可见其地位提升之快。
到了明宣宗朱瞻基时期，内阁获得一个重要的职权——票拟权。所谓“票拟”就是内阁阁员在处理臣僚所上的各种章奏时，将自己的处理意见用黑字撰写于纸上，然后附到奏章上请示皇帝如何执行。皇帝以朱砂红字批示于附加的纸上（称之为“批红”），多为可行、打回或额外的修改意见，再将“红本”（有时候是口谕）传至内阁，阁员们需要将皇帝的指示依照诏书规范写成正文，有时候言语也需要进行一定的修改。